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Il paese sorse su un incrocio del percorso che univa i possedimenti dei vescovi di Luni di Ponzanello alla sede diocesana di Sarzana. Carignano entrò fin da subito a far parte del neonato Marchesato di Fosdinovo (1355) che, nel 1359, alla morte di Gabriele Malaspina, venne spartito tra i fratelli di questi, Guglielmo e Galeotto Malaspina: in particolare, Carignano spettò al primo marchese di Fosdinovo Galeotto I Malaspina. All'epoca era un centro molto piccolo, rientrante nella categoria dei villaggi minori del Marchesato. Nel 1393, quando ci fu una nuova suddivisione del marchesato, Carignano rimase unito a Fosdinovo, spettando dunque a Spinetta II Malaspina, insieme ai centri di Marciaso, Tendola, Posterla, Colla, la villa di Sardine inferiore, San Terenzo, Pompilio, Cecina, Castelnuovo, Vallecchia, Gorasco e altri villaggi minori. Da quel momento in poi, Carignano rimase sempre all'interno del Marchesato di Fosdinovo, fino al suo tramonto avvenuto nel 1797.

Nel 1532 fu eretta una cappella (definita sacellum) da parte di Giovanni Andrea Santi dei Carzoli di Ponzanello, durante gli ultimi anni del Marchesato di Lorenzo Malaspina, come attesta un'iscrizione con lo stemma familiare dei "Carzoli" (dal nome dei mazzi di canapa), oggi murata sulla parete a sinistra del presbiterio dell'attuale chiesa.

Con l'ascesa di Napoleone in Italia e la nascita della Repubblica Cisalpina, venne creata la Municipalità di Fosdinovo, di cui faceva parte anche Carignano e a cui facevano capo ben ventuno comunità caratterizzate da un territorio prevalentemente montuoso. Con l'art. 3 della costituzione approvata il 26 gennaio 1802 nei comizi nazionali di Lione, che diedero vita alla Repubblica Italiana, furono installate dal viceprefetto delle Alpi Apuane, nel marzo del 1803, nuove municipalità: in particolare, Carignano rimase unito a Fosdinovo, entrando nella Comune di seconda classe di Fosdinovo, comprensiva anche di Giucano, Cortila, Gragnola, Marciaso, Pian di Molino, Pieve di Viano, Ponzanello, Posterla, Pulica e Tendola. Un'ulteriore riorganizzazione amministrativa attuata nel 1804 determinò che in Lunigiana le Comuni fossero solo di terza classe, ossia con meno di 3.000 abitanti. Dallo smembramento della Municipalità di Fosdinovo si originò nel tempo anche la Comune di Fosdinovo (con le sue ville, tra cui Carignano) e Giucano, che esistette fino al 1811, anno in cui si costituì l'Impero francese.